(57) В изобретении предусматривают композиции и способы связывания с представляющей интерес последовательностью-мишенью. Композиции применяют для расщепления или модификации представляющей интерес последовательности-мишени, визуализации представляющей интерес последовательности-мишени и модификации экспрессии представляющей интерес последовательности. Композиции содержат полипептиды РНК-направляемых нуклеаз, РНК CRISPR, трансактивирующие РНК CRISPR, направляющие РНК и кодирующие их молекулы нуклеиновой кислоты. Также описывают векторы и клетки-хозяева, содержащие молекулы нуклеиновой кислоты. Кроме того, предложены системы CRISPR для связывания представляющей интерес последовательности-мишени, причем система CRISPR содержит полипептид РНК-направляемой нуклеазы и одну или несколько направляющих РНК. Также предусмотрены способы и наборы для обнаружения последовательности ДНК-мишени.