(57) В настоящем документе раскрыты способы и композиции для инактивации генов ГКГС (MHC) с применением нуклеаз с мотивом цинкового пальца (ZFN), содержащих белок с мотивом цинкового пальца и расщепляющий домен или расщепляющий полудомен, в условиях, позволяющих сохранять жизнеспособность клеток. Кроме того, предложены полинуклеотиды, кодирующие ZFN, векторы, содержащие полинуклеотиды, кодирующие ZFN, и клетки, содержащие полинуклеотиды, кодирующие ZFN, и/или клетки, содержащие ZFN.