(57) Представлены системы, способы и приборы для определения по меньшей мере части генома плода. Фрагменты ДНК из материнского образца (ДНК матери и плода) подвергаются анализу для идентификации аллелей по определенным локусам. Можно установить общее количество фрагментов ДНК соответствующих аллелей в этих локусах для определения относительного количества гаплотипов по этим локусам и определить какие гаплотипы унаследованы из родительских геномов. Можно установить локусы, по которым родители представляют определенные комбинации гомозигот и гетерозигот для определения участков генома плода. Вместе с анализом фрагментов ДНК из материнского образца для определения геномов матери и отца можно использовать контрольные гаплотипы, распространенные в популяции. Также представлено определение мутаций, фракционной концентрации ДНК плода в материнском образце и степени охвата секвенированием материнского образца.