(11)	025208 (13) B1	Разделы: A B C D E F G H
(21)	201490480
(22)	2012.08.17
(51)	C12Q 1/68 (2006.01)
(31)	61/525,674
(32)	2011.08.19
(33)	US
(43)	2014.06.30
(86)	PCT/US2012/051466
(87)	WO 2013/028563 2013.02.28
(71)	(73) СИНТЕТИК ДЖЕНОМИКС, ИНК. (US)
(72)	Грэндлик Кристофер Дж., Ричардсон Тоби, Керовуо Янне С., Шварц Ариэль (US)
(74)	Медведев В.Н. (RU)
(54)	ИНТЕГРИРОВАННЫЙ СПОСОБ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ НОВЫХ ПЕСТИЦИДНЫХ КОМПОЗИЦИЙ И ЕГО ПРИМЕНЕНИЕ

(57) 1. Способ идентификации последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует биотоксин, причем указанный способ включает:

a) создание смешанной популяции молекул внехромосомной ДНК из совокупности микробных изолятов;

b) секвенирование молекул внехромосомной ДНК из смешанной популяции молекул внехромосомной ДНК без предварительного применения молекулярного клонирования;

c) создание метагеномного набора данных по последовательностям, который включает последовательности нуклеиновой кислоты, полученные из секвенированных молекул внехромосомной ДНК из указанной смешанной популяции молекул внехромосомной ДНК;

d) обработку данных по последовательностям упомянутого метагеномного набора данных по последовательностям для определения по меньшей мере одного контига последовательности нуклеиновой кислоты;

e) идентификацию последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует биотоксин, имеющий пестицидную активность, путем сравнения указанного по меньшей мере одного контига последовательности нуклеиновой кислоты согласно этапу (d) с известными последовательностями биотоксинов.

2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает этап определения таксономической классификации указанных микробных изолятов.

3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная совокупность микробных изолятов была предварительно отобрана по способности вырабатывать по меньшей мере один биотоксин.

4. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает этап определения, кодирует ли указанная последовательность нуклеиновой кислоты, идентифицированная на этапе (d), новый биотоксин, причем идентифицированная последовательность нуклеиновой кислоты упомянутого нового токсина обладает менее чем 30%-ной идентичностью с любой из известных последовательностей биотоксинов.

5. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная совокупность микробных изолятов содержит по меньшей мере 12 микробных изолятов.

6. Способ по п.1, отличающийся тем, что по меньшей мере один из указанных микробных изолятов является бактерией.

7. Способ по п.6, отличающийся тем, что указанная бактерия относится к роду, выбранному из группы, включающей Bacillus, Brevibacillus, Clostridia, Paenibacillus, Photorhabdus, Pseudomonas, Serratia, Streptomyces и Xenorhabdus.

8. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая биотоксин, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты, идентифицированную способом согласно любому из пп.1-7.

9. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая биотоксин и идентифицированная способом по п.1, где указанная молекула содержит

последовательность нуклеиновой кислоты, которая в жестких условиях гибридизируется с SEQ ID NO: 1-2, 4-5 или 7-205, или их комплементарной цепью, или фрагментом из любых по меньшей мере из 200 нуклеотидов; или

последовательность нуклеиновой кислоты, которая на 90% или более идентична SEQ ID NO: 1-2, 4-5 или 7-205, или их комплементарной цепи, или их фрагменту любых из по меньшей мере из 200 нуклеотидов; или

последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотную последовательность, на 90% или более идентичную SEQ ID NO: 2-4 или 8-206 и имеющую по меньшей мере 200 нуклеотидов.

10. Структура нуклеиновой кислоты для придания организму пестицидной активности, включающая молекулу нуклеиновой кислоты по п.9, причем указанная молекула нуклеиновой кислоты является функционально связанной с гетерологичной нуклеиновой кислотой.

11. Клетка-хозяин для придания организму пестицидной активности, содержащая структуру нуклеиновой кислоты по п.10.

12. Клетка-хозяин по п.11, отличающаяся тем, что указанная клетка-хозяин является растительной клеткой или микробной клеткой.

13. Организм-хозяин, имеющий пестицидную активность, содержащий клетку-хозяина согласно п.11.

14. Биологический образец, имеющий пестицидную активность, полученный от организма-хозяина по п.13.

15. Потомство, имеющее пестицидную активность, полученное от организма-хозяина по п.13.

16. Способ придания организму пестицидной активности, причем указанный способ включает внесение в указанный организм молекулы нуклеиновой кислоты по п.9, причем указанная молекула нуклеиновой кислоты транскрибируется и приводит к повышенной устойчивости указанного организма к вредителю по сравнению с контрольным организмом.

17. Выделенный полипептид, имеющий пестицидную активность, отличающийся тем, что указанный полипептид кодируется молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей

последовательность нуклеиновой кислоты, которая в жестких условиях гибридизируется с SEQ ID NO: 1-2, 4-5 или 7-205, или их комплементарной цепью, или их фрагментом из любых из 200 нуклеотидов; или

последовательность нуклеиновой кислоты, которая на 90% или более идентична SEQ ID NO: 1-2, 4-5 или 7-205, или их комплементарной цепи, или их фрагменту из любых из 200 нуклеотидов; или

последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотную последовательность, на 90% или более идентичную SEQ ID NO: 2-4 или 8-206 и имеющую по меньшей мере 200 нуклеотидов.

18. Композиция для борьбы с вредителем, содержащая полипептид по п.17 и сельскохозяйственно приемлемый носитель.

19. Способ борьбы с вредителем, включающий приведение в контакт или потребление упомянутым вредителем пестицидноэффективного количества полипептида согласно п.17.