(11)	014242 (13) B1	Разделы: A B C D E F G H
(21)	200702635
(22)	2006.07.07
(51)	C12Q 1/68 (2006.01)
(31)	MI2005A001294
(32)	2005.07.08
(33)	IT
(43)	2008.06.30
(86)	PCT/EP2006/006699
(87)	WO 2007/006520 2007.01.18
(71)	(73) ЭНИ С.П.А. (IT)
(72)	Кризари Антонелла, Де Ферра Франческа (IT)
(74)	Поликарпов А.В., Борисова Е.Н. (RU)
(54)	СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ СЕРООКИСЛЯЮЩИХ БАКТЕРИЙ И МОНИТОРИНГА ЭЛЕМЕНТАРНОЙ СЕРЫ В ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЕ

(57) 1. Способ идентификации сероокисляющих бактерий в почве, включающий выделение ДНК из почвенных образцов окружающей среды и последующую идентификацию по меньшей мере одного фрагмента рибосомального гена Thio 16S и/или гена SoxB, присутствующего у этих бактерий, посредством амплификации гена в присутствии пар олигонуклеотидов, комплементарных гену Thio 16S, выбранных из следующих пар последовательностей:

и/или в присутствии пар олигонуклеотидов, комплементарных гену SoxB, где прямой праймер выбран из следующих последовательностей:

и обратный праймер выбран из следующих последовательностей:

2. Способ по п.1, где амплификацию гена SoxB осуществляют в присутствии пар олигонуклеотидов, выбранных из следующих пар последовательностей:

3. Способ идентификации сероокисляющих бактерий по пп.1-2, включающий следующие стадии:

выделение ДНК из образцов;

приведение выделенной ДНК в контакт с парой праймеров, выбранных из тех, которые определены в п.1, в условиях, обеспечивающих специфическую амплификацию фрагмента гена SoxB;

анализ продукта генной амплификации с помощью ПЦР в реальном масштабе времени, гель-электрофореза или другого метода анализа.

4. Способ идентификации сероокисляющих бактерий по п.3, где температуры отжига в фазе, предшествующей специфической генной амплификации, варьируют от -5 до -1°С в соответствии с наименьшей температурой плавления Tm из температур плавления используемых пар зондов, и время полимеризации составляет минуту реакции на тысячу пар нуклеотидов полимеризующейся ДНК.

5. Способ количественного определения сероокисляющих бактерий, включающий:

а) осуществление генной амплификации в соответствии со способом по п.3 в присутствии различных количеств геномной ДНК сероокисляющих бактерий;

б) количественное определение продукта генной амплификации;

в) построение калибровочной кривой;

г) количественное определение геномной ДНК в анализируемых образцах посредством интерполяции.

6. Способ по п.3 или 5, где генную амплификацию осуществляют в присутствии пар олигонуклеотидов, комплементарных гену SoxB, имеющих следующую пару последовательностей:

7. Способ определения распределения серы в почве, включающий идентификацию сероокисляющих бактерий и их количественную оценку, где количественную оценку сероокисляющих бактерий осуществляют способом по п.5.

8. Диагностический набор для идентификации присутствия сероокисляющих бактерий в образцах окружающей среды, основанной на идентификации гена Thio 16S посредством генной амплификации в присутствии пар олигонуклеотидов, комплементарных гену Thio 16S, выбранных из следующих пар последовательностей:

или гена SoxB посредством генной амплификации в присутствии пар олигонуклеотидов, комплементарных гену SoxB, где прямой праймер выбран из следующих последовательностей:

и обратный праймер выбран из следующих последовательностей:

9. Пара олигонуклеотидов, комплементарных гену Thio 16S сероокисляющих бактерий, выбранная из следующих пар последовательностей:

10. Пара олигонуклеотидов, комплементарных гену SoxB сероокисляющих бактерий, выбранная из следующих пар последовательностей:

11. Олигонуклеотид, комплементарный гену Thio 16S сероокисляющих бактерий, выбранный из одной из следующих последовательностей:

12. Олигонуклеотид, комплементарный гену Thio 16S сероокисляющих бактерий, выбранный из одной из следующих последовательностей:

13. Способ идентификации сероокисляющих бактерий в почве, включающий гибридизацию соответствующим образом меченого зонда с геномной ДНК анализируемого образца, отличающийся тем, что зонд состоит по меньшей мере из одной из последовательностей, указанных в пп.11 и 12.

14. Способ по п.13, где геномная ДНК состоит из продукта генной амплификации, как он определен в п.1.