(57) 1. Способ определения необходимости в дополнительных лечебных мероприятиях у пациента, больного раком толстой кишки или колоректальным раком, после иссечения, удаляющего первичную опухоль, но до возможного дополнительного противоракового лечения, включающий стадии:
a) определения уровня метилирования ДНК гена SEPTIN9 (SEQ ID NO: 1) или гена RASSF2a (SEQ ID NO: 16), которая метилирована в клетках указанной раковой опухоли, но не метилирована в нераковых клетках, или фрагмента указанной ДНК в биологическом образце, взятом у пациента до того, как была удалена первичная опухоль посредством иссечения (образец до иссечения);
b) определения уровня метилирования ДНК генов, указанных в a), или фрагмента указанной ДНК в биологическом образце, взятом у пациента после того, как была удалена первичная опухоль посредством иссечения, но до дополнительного лечения (образец после иссечения),
где сохранение или увеличение уровня метилирования указанной ДНК или ее фрагмента в образце после иссечения по сравнению с уровнем метилирования указанной ДНК или ее фрагмента в образце до иссечения указывает на необходимость в дополнительном противораковом лечении этого пациента.
2. Способ по п.1, в котором уровень метилирования указанной ДНК или ее фрагмента определяют по меньшей мере по одному цитозину, находящемуся в положении, выбираемом из группы, состоящей из положений 21, 28, 30, 37 и 39 промоторной последовательности SEQ ID NO: 32 гена SEPTIN9 и положений 25, 29, 46, 52, 58, 70, 74, 79 и 89 промоторной последовательности SEQ ID NO: 34 гена RASSF2a.
3. Способ по п.1, в котором стадия колоректального ракового заболевания является стадией I, стадией II или стадией III.
4. Способ по п.1, в котором биологический образец выбирают из группы, состоящей из:
a) ткани;
b) мочи;
c) кала;
d) лаважной жидкости и
e) крови, предпочтительно сыворотки или плазмы.
5. Способ по любому из пп.1-4, в котором уровень метилирования указанной ДНК или ее фрагмента определяют количественно или частично количественно, качественно и/или частично качественно, частично количественно и частично качественно или полуколичественно.
6. Способ по любому из пп.1-5, в котором уровень метилирования указанной ДНК или ее фрагмента определяют посредством MethyLightÔ, HeavyMethylÔ или специфичной к метилированию ПЦР.
7. Способ по любому из пп.1-6, в котором определение уровня метилирования указанной ДНК или ее фрагмента включает контактирование ДНК из биологического образца по меньшей мере с одним реагентом или с рядом реагентов, которые различают метилированные и неметилированные динуклеотиды CpG по меньшей мере в одной области-мишени геномной ДНК, которая содержит последовательность по меньшей мере из 9, по меньшей мере из 16 или по меньшей мере из 25 смежных нуклеотидов последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 16 или гибридизуется с этими последовательностями в жестких условиях, причем указанные последовательности смежных нуклеотидов содержат по меньшей мере один динуклеотид CpG.
8. Способ по п.7, в котором указанный реагент выбран из группы, содержащей бисульфит, гидросульфит, дисульфит и их комбинации.
9. Способ по любому из пп.1-8, где биологический образец является образцом крови, сыворотки, плазмы или кала.
10. Способ по п.9, в котором уровень метилирования указанной ДНК или ее фрагмента определяют посредством MethyLightÔ, HeavyMethylÔ или специфичной к метилированию ПЦР.
11. Применение прошедшей бисульфитную обработку геномной нуклеиновой кислоты гена SEPTIN9 или RASSF2a, содержащей по меньшей мере 9, по меньшей мере 16, по меньшей мере 25 или по меньшей мере 50 смежных нуклеотидов или комплементарную им последовательность, для осуществления способа по любому из пп.1-10, где определение уровня метилирования указанной ДНК или ее фрагмента включает контактирование ДНК из биологического образца по меньшей мере с одним реагентом или с рядом реагентов, которые различают метилированные и неметилированные динуклеотиды CpG по меньшей мере в одной области-мишени геномной ДНК, которая содержит последовательность по меньшей мере из 9, по меньшей мере из 16 или по меньшей мере из 25, по меньшей мере из 50 смежных нуклеотидов последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 16 или гибридизуется с этими последовательностями в жестких условиях, причем указанные последовательности смежных нуклеотидов содержат по меньшей мере один динуклеотид CpG и где обработанную бисульфитом геномную нуклеиновую кислоту гена SEPTIN9 или RASSF2a получают стадией контакта ДНК из биологического образца по меньшей мере с одним указанным реагентом или с рядом указанных реагентов.
12. Применение набора для осуществления способа по любому из пп.1-10, в котором измерение уровня метилирования указанной ДНК или ее фрагмента включает контактирование ДНК из биологического образца по меньшей мере с одним реагентом или с рядом реагентов, которые различают метилированные и неметилированные динуклеотиды CpG по меньшей мере в одной области-мишени геномной ДНК, которая содержит последовательность по меньшей мере из 9, по меньшей мере из 16 или по меньшей мере из 25 смежных нуклеотидов последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 16 или гибридизуется с этими последовательностями в жестких условиях, причем указанные последовательности смежных нуклеотидов содержат по меньшей мере один динуклеотид CpG и где для измерения уровня метилирования ДНК используют по меньшей мере один набор олигонуклеотидов, включающий два олигонуклеотида, последовательности которых в каждом случае идентичны или комплементарны участку длиной по меньшей мере в 9 оснований последовательности гена SEPTIN9 или RASSF2a или гибридизуются с этим участком при жестких или особо жестких условиях, причем набор включает (a) бисульфитный реагент; (b) по меньшей мере один указанный набор олигонуклеотидов.
13. Применение набора по п.12, в котором область-мишень содержит или гибридизуется в жестких условиях с последовательностью по меньшей мере из 25 смежных нуклеотидов SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 16 и причем указанный по меньшей мере один набор олигонуклеотидов содержит два олигонуклеотида, последовательности которых в каждом случае идентичны, комплементарны или гибридизуются в жестких или особо жестких условиях с участком гена SEPTIN9 или RASSF2a протяженностью по меньшей мере 18 оснований.

---