(57) 1. Библиотека, которая состоит из:
(i) множества антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности; или
(ii) нуклеиновых кислот, которые кодируют множество антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друга от друга последовательности;
где упомянутые выше антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы представляют собой антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы, содержащие антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которых варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, где низкомолекулярное соединение представляет собой по меньшей мере одно соединение, выбранное из группы, состоящей из нуклеозидов, которые имеют структуру пуринового кольца, аминокислот и их метаболитов, липидов и их метаболитов, первичных метаболитов метаболизма сахаров и никотинамида и его метаболитов, и где библиотеку получают способом, включающим стадии:
(а) идентификация аминокислотных участков, которые удовлетворяют одному или более из (i)-(iii) ниже, в антигенсвязывающих доменах, антигенсвязывающая активность которых варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, или в антигенсвязывающих доменах, которые обладают активностью связывания в отношении низкомолекулярного соединения:
(i) один или более аминокислотных участков, которые не вовлечены в связывание немодифицированного антигенсвязывающего домена с низкомолекулярным соединением;
(ii) один или более аминокислотных участков, которые демонстрируют разнообразие частоты встречаемости аминокислот в репертуаре антител вида животных, к которому принадлежит родительский антигенсвязывающий домен; и
(iii) один или более аминокислотных участков, которые не являются важными для формирования канонической структуры в немодифицированном антигенсвязывающем домене; и
(b) конструирование библиотеки, которая содержит нуклеиновые кислоты, кодирующие немодифицированные антигенсвязывающие домены/молекулы, и нуклеиновые кислоты, которые индивидуально кодируют множество вариантов упомянутых выше антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности и имеют модификации в одном или нескольких из аминокислотных участков, идентифицированных на стадии (а).
2. Библиотека, которая состоит из:
(i) множества антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности; или
(ii) нуклеиновых кислот, которые кодируют множество антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друга от друга последовательности;
где упомянутые выше антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы представляют собой антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы, содержащие антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которых варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, где низкомолекулярное соединение представляет собой по меньшей мере одно соединение, выбранное из группы, состоящей из нуклеозидов, которые имеют структуру пуринового кольца, аминокислот и их метаболитов, липидов и их метаболитов, первичных метаболитов метаболизма сахаров и никотинамида и его метаболитов, и где библиотеку получают способом, включающим стадии:
(а) идентификация аминокислотных участков, которые удовлетворяют одному или нескольким из (i)-(iii) ниже, в антигенсвязывающих доменах, антигенсвязывающая активность которых варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, или в антигенсвязывающем домене, который обладают активностью связывания с низкомолекулярным соединением:
(i) один или более аминокислотных участков, которые не вовлечены в связывание с низкомолекулярным соединением;
(ii) один или более аминокислотных участков, которые демонстрируют разнообразие частоты встречаемости аминокислот в репертуаре антител вида животных, к которому принадлежит родительский антигенсвязывающий домен; и
(iii) один или более аминокислотных участков, которые не являются важными для формирования канонической структуры в немодифицированном антигенсвязывающем домене; и
(b) конструирование библиотеки, которая содержит нуклеиновые кислоты, кодирующие немодифицированные антигенсвязывающие домены/молекулы, и нуклеиновые кислоты, которые индивидуально кодируют множество вариантов упомянутых выше антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности и имеют модификации в одном или нескольких из аминокислотных участков, идентифицированных на стадии (а);
(c) идентификация одной или нескольких модификаций аминокислот, которые по существу не изменяют активность связывания каждого из упомянутых выше вариантов с низкомолекулярным соединением; и
(d) продуцирование библиотеки, содержащей нуклеиновые кислоты, которые кодируют немодифицированные антигенсвязывающие домены/молекулы, и нуклеиновые кислоты, которые кодируют множество вариантов упомянутых выше антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности и имеют одну или несколько модификаций аминокислот, идетифицированных на стадии (с).
3. Библиотека, которая состоит из:
(i) множества антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друг от друга последовательности; или
(ii) нуклеиновых кислот, которые кодируют множество антигенсвязывающих доменов или антигенсвязывающих молекул, содержащих антигенсвязывающий домен, которые имеют отличающиеся друга от друга последовательности;
где упомянутые выше антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы представляют собой антигенсвязывающие домены или антигенсвязывающие молекулы, содержащие антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которых варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, где низкомолекулярное соединение представляет собой по меньшей мере одно соединение, выбранное из группы, состоящей из нуклеозидов, которые имеют структуру пуринового кольца, аминокислот и их метаболитов, липидов и их метаболитов, первичных метаболитов метаболизма сахаров и никотинамида и его метаболитов, и где библиотеку получают способом, включающим стадии:
1) приведение в контакт библиотеки, содержащей множество антигенсвязывающих молекул, имеющих активность связывания с низкомолекулярным соединением, с низкомолекулярным соединением; и
2) концентрирование из библиотеки нуклеиновых кислот, которые кодируют множество вариантов антигенсвязывающих молекул, имеющих активность связывания с низкомолекулярным соединением.
4. Библиотека по п.3, где упомянутые выше антигенсвязывающие молекулы представляют собой антигенсвязывающие молекулы, которые содержат вариабельные области тяжелой цепи и вариабельные области легкой цепи антитела, и где библиотека продуцирована способом, включающим одну из стадий:
1) конструирование библиотеки посредством концентрирования нуклеиновых кислот, которые кодируют множество вариантов антигенсвязывающих молекул, обладающих активностью связывания в отношении низкомолекулярного соединения, из библиотеки по п.3, которая содержит нуклеиновые кислоты, кодирующие один или несколько вариантов, полученных путем модификации аминокислот, расположенных в вариабельных областях тяжелой цепи;
2) конструирование библиотеки посредством концентрирования нуклеиновых кислот, которые кодируют множество вариантов антигенсвязывающих молекул, обладающих активностью связывания в отношении низкомолекулярного соединения, из библиотеки по п.3, которая содержит нуклеиновые кислоты, кодирующие один или несколько вариантов, полученных путем модификации аминокислот, расположенных в вариабельных областях легкой цепи; и
3) конструирование библиотеки путем комбинирования нуклеиновых кислот, кодирующих антигенсвязывающую молекулу, концентрированных из каждой из библиотек вариабельных областей стадий 1) и 2).
5. Библиотека по любому из пп.1-4, где упомянутые выше антигенсвязывающие молекулы представляют собой слитые полипептиды, полученные путем слияния антигенсвязывающего домена по меньшей мере с частью белка вирусной оболочки.
6. Библиотека по любому из пп.1-4, где упомянутые выше антигенсвязывающие молекулы представляют собой антигенсвязывающие молекулы, содержащие тяжелые цепи и легкие цепи антител, и библиотека дополнительно включает стадию конструирования синтетической библиотеки тяжелых цепей и/или легких цепей.
7. Библиотека по п.6, где тяжелые цепи и/или легкие цепи антител содержат каркасную последовательность эмбрионального типа.
8. Библиотека по любому из пп.1-4, где упомянутое выше низкомолекулярное соединение представляет собой специфичное к ткани-мишени соединение или неприродное соединение.
9. Библиотека по п.8, где упомянутая выше ткань-мишень представляет собой злокачественную ткань или воспаленную ткань.
10. Библиотека по любому из пп.1-4, где низкомолекулярное соединение представляет собой кинуренин, аденозин, аденозинмонофосфат, аденозиндифосфат или аденозинтрифосфат.
11. Библиотека по п.1 или 2, где аминокислотные участки, не вовлеченные в связывание с низкомолекулярным соединением, представляют собой участки, отличные от любой одной или нескольких аминокислот, выбранных из указанных ниже:
Н-цепь: 97, 100с, 101, 94, 95, 100d, 100е, 33, 50, 52, 56, 57, 58, 99, 100, 100а, 54, 55 (нумерация Kabat) и
L-цепь: 49, 55, 95с, 96, 95а, 95b (нумерация Kabat).
12. Способ получения антигенсвязывающей молекулы, содержащей антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которого варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, который включает стадии:
(a) приведение в контакт библиотеки по любому из пп.1-4 с антигеном в отсутствие низкомолекулярного соединения;
(b) отбор антигенсвязывающего домена, который не связывается с антигеном на стадии (а) выше;
(c) приведение в контакт антигенсвязывающего домена, отобранного на стадии (b) выше, с антигеном в присутствии низкомолекулярного соединения;
(d) отбор антигенсвязывающего домена, который связывается с антигеном на стадии (с) выше;
(e) связывание полинуклеотида, который кодирует антигенсвязывающий домен, отобранный на стадии (d) выше, с полинуклеотидом, который кодирует полипептид, содержащий Fc-область;
(f) культивирование клетки, в которую введен вектор, с которым функционально связан полинуклеотид, полученный на стадии (е) выше; и
(g) сбор антигенсвязывающей молекулы из культурального раствора клетки, культивированной на стадии (f) выше.
13. Способ по п.12, где низкомолекулярное соединение представляет собой кинуренин, аденозин, аденозинмонофосфат, аденозиндифосфат или аденозинтрифосфат.
14. Способ получения антигенсвязывающей молекулы, содержащей антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которого варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, который включает стадии:
(a) приведение в контакт библиотеки по любому из пп.1-4 с антигеном в присутствии низкомолекулярного соединения;
(b) сбор антигенсвязывающего домена посредством диссоциации его с использованием низкомолекулярного соединения в более низкой концентрации, чем на стадии (а) выше;
(c) связывание полинуклеотида, который кодирует антигенсвязывающий домен, собранный на стадии (b) выше, с полинуклеотидом, который кодирует полипептид, содержащий Fc-область;
(d) культивирование клетки, в которую введен вектор, с которым полинуклеотид, полученный на стадии (с) выше, функционально связан; и
(e) сбор антигенсвязывающей молекулы из культурального раствора клетки, культивированной на стадии (d) выше.
15. Способ п.14, где низкомолекулярное соединение представляет собой кинуренин, аденозин, аденозинмонофосфат, аденозиндифосфат или аденозинтрифосфат.
16. Способ по п.12, который включает антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которого варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, который дополнительно включает стадии:
1) приведение в контакт библиотеки с низкомолекулярным соединением и
2) отбор антигенсвязывающих доменов, собранных на стадии 1) выше.
17. Способ по п.16, где низкомолекулярное соединение представляет собой кинуренин, аденозин, аденозинмонофосфат, аденозиндифосфат или аденозинтрифосфат.
18. Способ по п.14, который включает антигенсвязывающий домен, антигенсвязывающая активность которого варьируется в зависимости от концентрации низкомолекулярного соединения, который дополнительно включает стадии:
1) приведение в контакт библиотеки с низкомолекулярным соединением и
2) отбор антигенсвязывающих доменов, собранных на стадии 1) выше.
19. Способ по п.18, где низкомолекулярное соединение представляет собой кинуренин, аденозин, аденозинмонофосфат, аденозиндифосфат или аденозинтрифосфат.

---