(57) Изобретение относится к области компьютерной техники, в частности к способам организации структур хранения данных с помощью многослойных графов для связей информационных сущностей. Техническим результатом является повышение эффективности хранения данных с помощью формирования структуры хранения на основании многослойного графа связей между информационными сущностями. Заявленный результат достигается за счет способа формирования структуры хранения данных, выполняемый с помощью процессора вычислительного устройства и содержащий этапы, на которых формируют многослойный граф на основании данных, получаемых из различных источников информации, в котором вершинами каждого слоя является информация, относящаяся к одной сущности, а ребрами - данные, связывающие сущности в каждом слое графа, причем каждый слой графа представляет собой связанный граф, сформированный по данным отдельного информационного источника; осуществляют сопоставление вершин в каждом слое графа для выявления ребер, связывающей сущности в разных слоях многослойного графа; определяют вершины, содержащие информацию об одной сущности в по меньшей мере двух слоях многослойного графа, и выполняют формирование суперузла с помощью объединения упомянутых вершин, причем упомянутый суперузел содержит связанную информацию об одной сущности из по меньшей мере двух информационных источников.