(57) Предлагаются композиции и способы связывания с представляющей интерес целевой последовательностью. Композиции находят применение при расщеплении или модификации представляющей интерес целевой последовательности, визуализации представляющей интерес целевой последовательности и модификации экспрессии представляющей интерес последовательности. Композиции включают полипептиды нуклеаз, управляемых РНК, CRISPR РНК, трансактивирующие CRISPR РНК, управляющие РНК и молекулы нуклеиновых кислот, кодирующие их. Также предлагаются векторы и клетки-хозяева, содержащие молекулы нуклеиновых кислот. Кроме того, предусмотрены системы CRISPR для связывания представляющей интерес целевой последовательности, при этом система CRISPR включает полипептид нуклеазы, управляемой РНК, и одну или несколько управляющих РНК.