(57) В настоящем документе раскрыты способы и композиции для инактивации генов ТКР (Т-клеточного рецептора) и/или HLA (лейкоцитарного антигена человека) с применением сконструированных нуклеаз, содержащих по меньшей мере один ДНК-связывающий домен и домен расщепления или полудомен расщепления, в условиях, способных сохранить жизнеспособность клеток. Также предложены полинуклеотиды, кодирующие нуклеазы, векторы, которые содержат полинуклеотиды, кодирующие нуклеазы, и клетки, которые содержат полинуклеотиды, кодирующие нуклеазы, и/или клетки, которые содержат нуклеазы.