(11)	017966 (13) B1	Разделы: A B C D E F G H
(21)	201000231
(22)	2008.07.23
(51)	G06F 19/10 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01)
(31)	60/951,438
(32)	2007.07.23
(33)	US
(43)	2010.06.30
(86)	PCT/GB2008/002530
(87)	WO 2009/013496 2009.01.29
(71)	(73) ТЕ ЧАЙНИЗ ЮНИВЕРСИТИ ОВ ГОНГКОНГ (CN)
(72)	Ло Йук-Минг Деннис, Чиу Росса Вай Квун, Чан Кван Чее (HK)
(74)	Агуреев А.П. (RU)
(54)	ДИАГНОСТИКА ФЕТАЛЬНОЙ ХРОМОСОМНОЙ АНЭУПЛОИДИИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

(57) 1. Способ выполнения пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, где биологический образец содержит молекулы нуклеиновых кислот женщины и плода, включающий

выполнение рандомизированного секвенирования молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце с получением их последовательностей;

выравнивание по меньшей мере части последовательностей с человеческим геномом;

определение первого количества последовательностей, идентифицированных как выровненные с первой хромосомой; и

определение второго количества последовательностей, идентифицированных как выровненные с одной или более вторых хромосом;

определение параметра от первого количества и второго количества, где этот параметр представляет собой относительное количество между первым и вторым количеством;

сравнение этого параметра с одним или несколькими пороговыми значениями для определения диагноза, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия по первой хромосоме.

2. Способ по п.1, где биологический образец представляет собой материнскую кровь, плазму, сыворотку, мочу или слюну.

3. Способ по п.1, где биологический образец представляет собой трансцервикальную промывочную жидкость.

4. Способ по п.1, где первая хромосома представляет собой хромосому 21, хромосому 18, хромосому 13, хромосому X или хромосому Y.

5. Способ по п.1, где этот параметр определен из соотношения между первым количеством и вторым количеством.

6. Способ по п.5, где соотношение показывает процент последовательностей, определенных как выровненные к первой хромосоме среди всех последовательностей.

7. Способ по п.5, где соотношение представляет собой фракционный подсчет числа последовательностей, фракционного числа секвенированных нуклеотидов или фракционной длины накопленных последовательностей.

8. Способ по п.5, где отбирают меньшие, чем обусловленное число пар оснований, последовательности, которые выравнивают с первой хромосомой.

9. Способ по п.8, где обусловленное число пар оснований равно 300 п.о., 200 п.о. или 100 п.о.

10. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для последовательностей, происходящих по меньшей мере от одной определенной хромосомы.

11. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для последовательностей, которые меньше 300 п.о.

12. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для последовательностей, которые меньше 200 п.о.

13. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца амплифицируют с использованием полимеразной цепной реакции.

14. Способ по п.1, где полученные последовательности представляют собой, по меньшей мере, предварительно определенную фракцию генома человека.

15. Способ по п.1, где фракция представляет по меньшей мере 0,1% генома человека.

16. Способ по п.1, где фракция представляет по меньшей мере 0,5% генома человека.

17. Способ по п.1, где по меньшей мере одно из пороговых значений зависит от концентрации фракции фетальной ДНК в биологическом образце.

18. Способ по п.17, где концентрацию фракции фетальной ДНК в биологическом образце определяют с помощью одной или нескольких долей последовательностей хромосомы Y, фетального эпигенетического маркера или с использованием анализа однонуклеотидного полиморфизма.

19. Способ по п.1, где пороговое значение является эталонным значением, установленным из одного или более нормальных биологических образцов.

20. Способ по п.1, дополнительно включающий идентификацию количества фетальной ДНК в биологическом образце и вычисления числа N молекул секвенируемых нуклеиновых кислот для желательной точности.

21. Способ по п.20, дополнительно включающий определение процентного содержания фетальной ДНК в биологическом образце и где вычисление числа N молекул секвенируемых нуклеиновых кислот для желательной точности основано на этом процентном содержании.

22. Способ по п.1, где последовательности, определенные как выровненные с первой хромосомой, выравниваются только с первой хромосомой и где последовательности, определенные как выровненные с одной или более второй хромосомой, выравниваются только с одной второй хромосомой.

23. Способ по п.1, где первое количество определено на основании пула (общего количества) секвенированных меток, которые выровнены по множеству положений на первой хромосоме.

24. Способ по п.23, где часть человеческого генома, с которой выравнивают секвенированные метки, не является предварительно определенной.

25. Способ по п.24, где часть человеческого генома, соответствующая секвенированным меткам, выровненным с первой хромосомой, не является предварительно определенной.

26. Способ по п.1, где параметр представляет собой фракционное представление последовательности, идентифицированной как выровненная с первой хромосомой, и это фракционное представление измерено в виде порции молекул нуклеиновых кислот в биологическом образце, которая происходит из первой хромосомы.

27. Способ по п.26, где одно или более пороговое значение рассчитывается как отношение размера первой хромосомы к размеру одной или более второй хромосомы.

28. Компьютерный программный продукт, включающий считываемую компьютером среду, кодированную рядом инструкций для регулирования вычислительной системы для выполнения операции по осуществлению пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, причем операция включает стадии

получения последовательностей при рандомизированном секвенировании множества молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце, где биологический образец включает молекулы нуклеиновых кислот женщины и плода,

выравнивания каждой последовательности с геномом человека, где указанная доля включает фракцию генома человека;

определения первого количества первой хромосомы из последовательностей, идентифицированных как выровненные с первой хромосомой;

определения второго количества одной или нескольких вторых хромосом из последовательностей, идентифицированных как выровненные с одной или более второй хромосомой;

определения параметра из первого количества и второго количества, где этот параметр представляет собой относительное соотношение между первым и вторым количеством;

сравнения параметра с одним или несколькими пороговыми значениями,

для определения диагноза, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия по первой хромосоме.