(11)	013617 (13) B1	Разделы: A B C D E F G H
(21)	200701804
(22)	2006.02.23
(51)	C07K 14/71 (2006.01) G01N 33/574 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
(31)	60/656,263
(32)	2005.02.24
(33)	US
(43)	2008.06.30
(86)	PCT/US2006/006751
(87)	WO 2006/091899 2006.08.31
(71)	(73) АМГЕН ИНК. (US)
(72)	Фримэн Дэниель, Хуан Тодд, Рейдински Роберт (US)
(74)	Дементьев В.Н. (RU)
(54)	МУТАЦИИ РЕЦЕПТОРА ЭПИДЕРМАЛЬНОГО ФАКТОРА РОСТА

(57) 1. Выделенный полипептид, содержащий по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13.

2. Выделенный полипептид, состоящий по меньшей мере из одной аминокислотной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13.

3. Выделенный полинуклеотид, кодирующий полипептид, содержащий по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ Ю NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13.

4. Выделенный полинуклеотид, кодирующий полипептид, состоящий по меньшей мере из одной аминокислотной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13.

5. Вектор, содержащий по меньшей мере один выделенный полинуклеотид по любому из пп.3 или 4.

6. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п.5.

7. Клетка, трансформированная выделенным полинуклеотидом по любому из пп.3 или 4.

8. Способ получения полипептида, заключающийся в культивировании клетки-хозяина по п.6 в условиях, эффективных для продуцирования полипептида.

9. Способ по п.8, дополнительно содержащий выделение полипептида.

10. Способ получения полипептида, заключающийся в культивировании клетки по п.7 в условиях, эффективных для продуцирования полипептида.

11. Способ по п.10, дополнительно содержащий выделение полипептида.

12. Полипептид, полученный способом по п.8.

13. Полипептид, полученный способом по п.10.

14. Слитый белок, содержащий выделенный полипептид по любому из пп.1 или 2, слитый с гетерологичным полипептидом.

15. Специфический связывающий агент, который способен связываться с выделенным полипептидом по любому из пп.1 или 2.

16. Специфический связывающий агент по п.15, выбранный по меньшей мере из одной молекулы, выбранной из антитела, антитела, в котором тяжёлая цепь и лёгкая цепь связаны линкером, одно-Fv антитела, иммунологически функционального фрагмента иммуноглобулина, Fab антитела, Fab' антитела, F(ab')₂ антитела, моноклонального антитела, поликлонального антитела, антиидиотипического антитела, полностью человеческого антитела, гуманизированного антитела, химерного антитела, CDR-привитого антитела и антитела, которое ингибирует связывание EGF с выделенным полипептидом, содержащим по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19 и SEQ ID NO: 20.

17. Способ получения антитела, способного связывать по меньшей мере один полипептид, содержащий по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13, включающий введение животному по меньшей мере одного полипептида, содержащего по меньшей мере одну последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13; и получение антитела, способного связывать по меньшей мере один полипептид, содержащий по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 и SEQ ID NO: 13, от животного.

18. Трансгенное животное, содержащее полинуклеотид по любому из пп.3 или 4.

19. Полинуклеотид по любому из пп.3 или 4, связанный с твёрдой подложкой.

20. Полипептид по любому из пп.1 или 2, связанный с твёрдой подложкой.

21. Биочип, содержащий по меньшей мере один полинуклеотид по любому из пп.3 или 4.

22. Биочип, содержащий по меньшей мере один полипептид по любому из пп.1 или 2.

23. Нуклеотидный зонд, который гибридизуется с полинуклеотидом, кодирующим область мутантного EGFr полипептида, отличающийся тем, что область содержит по меньшей мере одну EGFr мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, или (нуклеотидный зонд) гибридизуется с комплементом этого полинуклеотида.

24. Способ диагностики заболевания или состояния, которое связано с одной или более EGFr мутаций в субъекте, включающий:

(а) определение наличия или степени экспрессии полипептида по любому из пп.1 и 2 в образце, взятом у субъекта; и

(б) диагностику заболевания или состояния, которое связано с одной или более EGFr мутаций, на основании определения наличия или степени экспрессии полипептида.

25. Способ диагностики восприимчивости к заболеванию или состоянию, которое связано с одной или более EGFr мутаций в субъекте, включающий:

(а) определение наличия или степени экспрессии полипептида по любому из пп.1 и 2 в образце; и

(б) диагностику восприимчивости к заболеванию или состоянию, которое связано с одной или более EGFr мутаций, на основании определения наличия или степени экспрессии полипептида.

26. Способ определения присутствия или отсутствия полинуклеотида, кодирующего мутантный полипептид в образце, включающий:

(а) экспозицию образца с зондом, который гибридизуется с полинуклеотидом, кодирующим область мутантного EGFr полипептида, отличающуюся тем, что эта область содержит по меньшей мере одну EGFr мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A; и

(б) определение присутствия или отсутствия полинуклеотида, кодирующего мутантный EGFr полипептид в образце.

27. Способ определения присутствия или отсутствия мутантного EGFr полипептида в образце, включающий:

(а) экспозицию образца с зондом, который гибридизуется с полинуклеотидом, кодирующим область мутантного EGFr полипептида, отличающуюся тем, что эта область содержит по меньшей мере одну EGFr мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A; и

(б) определение присутствия или отсутствия мутантного EGFr полипептида в образце.

28. Способ диагностики рака, связанного с EGFr, у субъекта, заключающийся в определении наличия или отсутствия по меньшей мере одного мутантного EGFr полипептида, содержащего по меньшей мере одну мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, в образце для анализа, взятом у субъекта, причём присутствие, по меньшей мере, мутантного EGFr полипептида диагностирует EGFr-связанный рак у субъекта.

29. Способ диагностики рака, связанного с EGFr, у субъекта, заключающийся в определении наличия или отсутствия по меньшей мере одного мутантного EGFr полинуклеотида, кодирующего полипептид, содержащий по меньшей мере одну мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, в образце для анализа, взятом у субъекта, причём присутствие по меньшей мере одного мутантного EGFr полинуклеотида диагностирует у субъекта рак, связанный с EGFr.

30. Способ определения вероятности развития рака, связанного с EGFr, у субъекта, включающий определение присутствия или отсутствия по меньшей мере одного мутантного EGFr полипептида, содержащего по меньшей мере одну мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, в образце для анализа, взятом у субъекта, отличающийся тем, что присутствие, по меньшей мере, мутантного EGFr полипептида является показателем вероятности развития у субъекта рака, связанного с EGFr.

31. Способ определения вероятности развития рака, связанного с EGFr, у субъекта, включающий определение присутствия или отсутствия по меньшей мере одного мутантного EGFr полинуклеотида, кодирующего полипептид, содержащий по меньшей мере одну мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, в образце для анализа, взятом у субъекта, причём присутствие по меньшей мере одного мутантного EGFr полинуклеотида является показателем вероятности развития у субъекта рака, связанного с EGFr.

32. Способ по любому из пп.28-31, отличающийся тем, что рак, связанный с EGFr, является немелкоклеточным раком лёгкого.

33. Способ скрининга на модулятор активности по меньшей мере одного мутантного EGFr полипептида, содержащего по меньшей мере одну мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, включающий:

(а) контактирование клетки по любому из пп.14 или 15 с тестируемым соединением; и

(б) определение, действительно ли тестируемое соединение модулирует активность мутантного EGFr полипептида.

34. Соединение, идентифицируемое способом по п.33.

35. Способ лечения заболевания или состояния, связанного по меньшей мере с одной EGFr мутацией, выбранной из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A, заключающийся во введении соединения по п.34 субъекту, нуждающемуся в лечении от заболевания или состояния, связанного по меньшей мере с одной EGFr мутацией.

36. Способ лечения субъекта от заболевания или состояния, связанного по меньшей мере с одной EGFr мутацией, включающий:

(а) детектирование по меньшей мере одной EGFr мутации в полинуклеотиде субъекта, причём обнаружение по меньшей мере одной EGFr мутации показывает, что пациент обладает повышенной чувствительностью к развитию заболевания или состояния, связанного по меньшей мере с одной EGFr мутацией; и

(б) введение субъекту антитела, которое специфически связывает мутантный EGFr полипептид.

37. Способ лечения субъекта от заболевания или состояния, связанного по меньшей мере с одной EGFr мутацией, включающий:

(а) детектирование по меньшей мере одной EGFr мутации в полинуклеотиде субъекта, причём обнаружение по меньшей мере одной EGFr мутации показывает, что у пациента имеется заболевание или состояние, связанное по меньшей мере с одной EGFr мутацией; и

(б) введение субъекту антитела, которое специфически связывает мутантный EGFr полипептид.

38. Способ по п.37, отличающийся тем, что антитело является человеческим антителом.

39. Способ по п.38, отличающийся тем, что антитело представляет собой панитумумаб или его антигенсвязывающую область.

40. Способ по п.36, отличающийся тем, что по меньшей мере одну из EGFr мутаций выбирают из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A.

41. Способ по п.36, отличающийся тем, что заболевание или состояние, связанное по меньшей мере с одной EGFr мутацией, является немелкоклеточным раком лёгкого.

42. Способ лечения заболевания или состояния, которое связано по меньшей мере с одной EGFr мутацией, заключающийся во введении полинуклеотида, антисмыслового по отношению к полинуклеотиду по любому из пп.3 или 4, субъекту, нуждающемуся в таком лечении.

43. Способ установления профиля мутантной популяции EGFr в специфической популяции индивидуумов, включающий:

(а) определение присутствия по меньшей мере одной EGFr мутации в генетическом профиле индивидуумов в популяции; и

(б) установление соотношения между генетическим профилем мутантного EGFr и специфическими характеристиками индивидуумов.

44. Способ по п.43, отличающийся тем, что специфические характеристики индивидуумов включают восприимчивость к развитию заболевания или состояния, связанного с EGFr мутацией.

45. Способ по п.43, отличающийся тем, что специфические характеристики индивидуумов включают проявление заболевания или состояния, связанного с EGFr мутацией.

46. Способ прогнозирования эффективности действия гефитиниба на заболевание или состояние у субъекта, включающий определение присутствия или отсутствия EGFr мутации Т790М в мутантном EGFr полипептиде субъекта, отличающийся тем, что присутствие EGFr мутации Т790М в одном или более мутантных EGFr полипептидов указывает на резистентность к лечению гефитинибом.

47. Способ определения восприимчивости к лечению с помощью антитела против EGFr у субъекта, страдающего раковым заболеванием, включающий определение присутствия или отсутствия EGFr мутации Т790М у субъекта.

48. Способ по п.47, отличающийся тем, что антитело представляет собой панитумумаб или цетуксимаб.

49. Набор для обнаружения полинуклеотида, кодирующего мутантный EGFr полипептид у субъекта, содержащий зонд, который гибридизуется с полинуклеотидом, кодирующим область мутантного EGFr полипептида, причём эта область содержит по меньшей мере одну EGFr мутацию, выбранную из L688P, Q701H, K745N, C781R, инсерции гистидина между аминокислотами 771 и 772, Т790М, L828stop, Q849R, F910L и V948A.

50. Набор по п.49, дополнительно содержащий два или более амплификационных праймера.

51. Набор по п.49, дополнительно содержащий компонент для детекции.

52. Набор по п.49, дополнительно содержащий компонент для выборки нуклеотидов.