(57) 1. Библиотека, содержащая множество конъюгатов, включающих:
(i) химическое соединение, содержащее один или более каркасных элементов или один или более структурных элементов;
(ii) первую олигонуклеотидную метку, кодирующую идентификацию по меньшей мере одного из указанных одного или более каркасных элементов или структурных элементов; и
(iii) олигонуклеотидный головной фрагмент, содержащий первую функциональную группу и вторую функциональную группу, причем указанная первая функциональная группа функционально связана с указанным химическим соединением и указанная вторая функциональная группа функционально связана с указанной первой олигонуклеотидной меткой через первую связь,
где указанная первая связь образована фотореакционноспособной группой, содержащей циановинилкарбазольную группу, 5-(карбокси)винилуридиновую группу, азидную группу или комбинацию азидной группы и группы циклооктина, с помощью сшивающего олигонуклеотида, который охватывает область соединения между указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и указанной первой олигонуклеотидной меткой и который функционально связывается с указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и указанной первой олигонуклеотидной меткой через одну или более обратимых кореакционноспособных групп.
2. Библиотека, содержащая множество конъюгатов, включающих:
(i) химическое соединение, содержащее один или более каркасных элементов или один или более структурных элементов;
(ii) n число олигонуклеотидных меток, содержащих n-1 связей, где n представляет собой целое число от 1 до 10 и где каждая из указанных связей находится между двумя соседними олигонуклеотидными метками и каждая олигонуклеотидная метка кодирует идентификацию по меньшей мере одного из указанных одного или более каркасных элементов или структурных элементов;
(iii) олигонуклеотидный головной фрагмент, содержащий первую функциональную группу, функционально связанную с указанным химическим соединением, и вторую функциональную группу, функционально связанную по меньшей мере с одной из указанного числа n меток через первую связь,
причем по меньшей мере одна из указанных первой связи и n-1 связей образована фотореакционноспособной группой, содержащей циановинилкарбазольную группу, 5-(карбокси)винилуридиновую группу, азидную группу или комбинацию азидной группы и группы циклооктина, с помощью сшивающего олигонуклеотида, который охватывает область соединения между указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и по меньшей мере одной из указанных n числа меток или который охватывает область соединения между двумя соседними метками и который функционально связывается с указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и по меньшей мере одной из указанных n числа меток или с указанными двумя соседними метками через одну или более обратимых кореакционноспособных групп.
3. Библиотека по п.2, где по меньшей мере около 10% указанных первой связи и n-1 связей содержат фотореакционноспособную группу или сшивающий олигонуклеотид.
4. Библиотека по п.2 или 3, в которой по меньшей мере одна из указанных n числа меток содержит 5'-коннектор на 5'-конце указанной одной или более меток и 3'-коннектор на 3'-конце указанной одной или более меток.
5. Библиотека по любому из пп.2-4, в которой ДНК-полимераза и/или РНК-полимераза обладает пониженной способностью считывать или перемещаться через указанную первую связь и/или n-1 связей.
6. Библиотека по любому из пп.2-5, в которой более чем около 50% от указанной первой связи и n-1 связей образованы фотореакционноспособной группой, содержащей циановинилкарбазольную группу, 5-(карбокси)винилуридиновую группу, азидную группу или комбинацию азидной группы и группы циклооктина, с помощью сшивающего олигонуклеотида, который охватывает область соединения между указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и по меньшей мере одной из указанных n числа меток или который охватывает область соединения между двумя соседними метками и который функционально связывается с указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и по меньшей мере одной из указанных n числа меток или с указанными двумя соседними метками через одну или более обратимых кореакционноспособных групп.
7. Библиотека по любому из пп.1-6, в которой по меньшей мере одна фотореакционноспособная группа присутствует в 5'-коннекторе на или в непосредственной близости от 5'-конца указанной метки и/или в 3'-коннекторе на или в непосредственной близости от 3'-конца указанной метки.
8. Библиотека по любому из пп.4-7, в которой последовательность по меньшей мере одного указанного 5'-коннектора комплементарна последовательности смежного 3'-коннектора, или идентична, или достаточно схожа, чтобы обеспечить гибридизацию с тем же комплементарным олигонуклеотидом по обе стороны от области соединения в отдельных событиях гибридизации.
9. Библиотека по любому из пп.1-8, в которой указанное химическое соединение функционально связано с указанным олигонуклеотидным головным фрагментом через бифункциональный спейсер.
10. Библиотека по п.9, в которой химическое соединение ковалентно присоединено к указанному олигонуклеотидному головному фрагменту.
11. Библиотека по любому из пп.1-10, в которой указанный олигонуклеотидный головной фрагмент содержит олигонуклеотид, выбранный из группы, состоящей из двухцепочечного олигонуклеотида, одноцепочечного олигонуклеотида или олигонуклеотида-шпильки.
12. Библиотека по любому из пп.1-11, в которой указанный олигонуклеотидный головной фрагмент содержит связывающую праймер область.
13. Библиотека по любому из пп.2-12, где указанный конъюгат содержит от 2 до 20 меток.
14. Библиотека по любому из пп.2-13, в которой каждая из указанных меток содержит от 5 до 75 нуклеотидов.
15. Библиотека по любому из пп.1-14, в которой каждая из указанных меток в пределах отдельного набора меток характеризуется примерно одинаковой массой.
16. Библиотека по любому из пп.1-15, где указанный олигонуклеотидный головной фрагмент и/или указанные олигонуклеотидные метки содержат РНК, ДНК, модифицированную ДНК и/или модифицированную РНК.
17. Библиотека по п.16, в которой модифицированная ДНК или модифицированная РНК представляют собой ПНК, LNA, GNA, TNA или их смесь в пределах одного и того же олигонуклеотида.
18. Библиотека по любому из пп.1-17, дополнительно содержащая олигонуклеотидный хвостовой фрагмент.
19. Способ получения библиотеки по п.2, включающий:
(a) получение олигонуклеотидного головного фрагмента, содержащего первую функциональную группу и вторую функциональную группу;
(b) связывание указанной первой функциональной группы указанного олигонуклеотидного головного фрагмента с первым компонентом указанного химического соединения, причем указанный олигонуклеотидный головной фрагмент непосредственно соединен с указанным первым компонентом или указанный олигонуклеотидный головной фрагмент опосредованно соединен с указанным первым компонентом с помощью бифункционального спейсера; и
(c) связывание указанной второй функциональной группы указанного олигонуклеотидного головного фрагмента с первой олигонуклеотидной меткой через первую связь с образованием конъюгата;
(d) связывание n_c количества дополнительных компонентов указанного химического соединения, причем n_c представляет собой целое число от 1 до 10; и
(е) связывание n_t количества дополнительных олигонуклеотидных меток, содержащих n_t связей, с образованием конъюгата, причем n_t представляет собой целое число от 1 до 10, и причем каждая из указанных связей находится между двумя соседними метками и каждая метка кодирует идентификацию по меньшей мере одного из указанных компонентов; причем по меньшей мере одна из указанной первой связи и n_t связей образована фотореакционноспособной группой, содержащей циановинилкарбазольную группу, 5-(карбокси)винилуридиновую группу, азидную группу или комбинацию азидной группы и группы циклооктина, с помощью сшивающего олигонуклеотида, который охватывает область соединения между указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и указанной первой олигонуклеотидной меткой или который охватывает область соединения между двумя соседними метками и который функционально связывается с указанным олигонуклеотидным головным фрагментом и указанной первой олигонуклеотидной меткой или с указанными двумя соседними метками через одну или несколько обратимых кореакционноспособных групп;
причем указанные стадии (b) и (с) могут быть выполнены в любом порядке, и причем указанная первая метка кодирует реакцию связывания указанной стадии (b), тем самым обеспечивая меченую библиотеку; и
причем указанные стадии (d) и (е) могут быть выполнены в любом порядке, и причем каждая дополнительная метка кодирует реакцию связывания каждого дополнительного компонента указанной стадии (d).
20. Способ скрининга множества химических соединений, включающий:
(a) контактирование мишени с библиотекой конъюгатов по любому из пп.1-18;
(b) выбор одного или более конъюгатов, характеризующихся заранее определенной характеристикой для указанной мишени по сравнению с контролем, таким образом подвергая скринингу указанное химическое соединение.
21. Способ по п.20, где указанная заранее определенная характеристика включает увеличенное связывание указанной мишени по сравнению с контролем.
22. Способ по п.20 или 21, в котором перед стадией (а) выполняется одна или более операций, указанные операции выбирают из группы, состоящей из отжига одного или более стыковочных праймеров с указанным конъюгатом, причем указанный один или более стыковочных праймеров перекрывают указанную первую связь и/или n-1 связей; удлинения указанных стыковочных праймеров с использованием полимеразы для получения олигонуклеотидных фрагментов и лигирования указанного олигонуклеотидного фрагмента для получения матрицы.
23. Способ определения нуклеотидной последовательности конъюгата библиотеки по любому из пп.1-18, включающий:
(a) отжиг одного или более стыковочных праймеров с указанным конъюгатом, причем указанный один или более стыковочных праймеров перекрывают указанную первую связь и/или n-1 связей;
(b) удлинение указанных стыковочных праймеров с использованием полимеразы для получения олигонуклеотидных фрагментов;
(c) лигирование указанных олигонуклеотидных фрагментов для получения матрицы;
(d) необязательная амплификация указанной матрицы с помощью полимеразной цепной реакции для получения амплифицированной смеси;
(e) секвенирование указанной необязательно амплифицированной смеси для определения последовательности указанного конъюгата.
24. Способ определения нуклеотидной последовательности конъюгата библиотеки по любому из пп.1-18, включающий:
(a) получение указанного конъюгата, содержащего сшивающий олигонуклеотид, который перекрывает область соединения между двумя соседними метками и который функционально связан с указанными двумя соседними метками через одну или более обратимых кореакционноспособных групп;
(b) высвобождение указанного сшивающего олигонуклеотида для получения матрицы;
(c) необязательную амплификацию указанной матрицы с помощью полимеразной цепной реакции для получения амплифицированной смеси;
(d) секвенирование указанной необязательно амплифицированной смеси для определения последовательности указанного конъюгата.

---