(57) 1. Способ детектирования рака или предзлокачественного изменения у субъекта, причем указанный способ включает
получение конститутивного генома для генома субъекта, где этот конститутивный геном получен с использованием считываемых последовательностей из образца субъекта, который содержит более 50% ДНК из здоровых клеток;
получение одной или более считываемых последовательностей для каждого из множества фрагментов ДНК в биологическом образце субъекта, причем указанный биологический образец включает внеклеточную ДНК;
определение геномных положений для считываемых последовательностей;
сравнение считываемых последовательностей с указанным конститутивным геномом для определения первого количества первых локусов, при этом
в каждом из данных первых локусов количество считываемых последовательностей с вариантной последовательностью относительно этого конститутивного генома выше значения отсечки, где указанное значение отсечки больше единицы для уменьшения тем самым ложноположительных результатов в отношении истинных ассоциированных с раком мутаций;
определение параметра, как раскрыто в описании, на основании числа считываемых последовательностей с вариантной последовательностью в этих первых локусах; и
сравнение этого параметра с пороговым значением для определения уровня рака у субъекта, где пороговое значение соответствует диапазону параметра для субъектов, имеющих этот уровень рака.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что значение отсечки для локуса зависит от общего количества считываемых последовательностей, которые располагаются в геноме в данном локусе.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что различные значения отсечки используют по меньшей мере для двух из указанных первых локусов, причем способ дополнительно включает динамическое определение первого значения отсечки для одного из этих первых локусов, где указанный один из этих первых локусов находится внутри первой области.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что первое значение отсечки определяют на основании глубины секвенирования одного из первых локусов или на основе частоты ложноположительных результатов, которая зависит от частоты ошибок секвенирования, глубины секвенирования указанной первой области и общего количества положений нуклеотидов в первой области.
5. Способ по п.3, отличающийся тем, что первое значение отсечки определяют на основании частоты ложноположительных результатов, которая зависит от частоты ошибок секвенирования, глубины секвенирования первой области и общего количества положений нуклеотидов в первой области, и где первое значение отсечки далее выбирают на основании ожидаемого числа положений с истинными ассоциированными с раком мутациями в этой первой области, причем способ дополнительно включает расчет указанного ожидаемого числа положений с истинными ассоциированными с раком мутациями для первого значения отсечки на основании глубины секвенирования D первой области и фракционной концентрации f ДНК опухолевого происхождения в биологическом образце.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что расчет числа положений с истинными ассоциированными с раком мутациями делают, используя пуассоновское распределение вероятностей согласно формуле

где Pb представляет собой вероятность детектирования положений с истинными ассоциированными с раком мутациями, r соответствует значению первой отсечки
Mp = D´f/2.
7. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное первое значение отсечки определяют, применяя любой из следующих критериев:
если глубина секвенирования меньше 50, то первое значение отсечки равно 5,
если глубина секвенирования составляет 50-110, то первое значение отсечки равно 6,
если глубина секвенирования составляет 111-200, то первое значение отсечки равно 7,
если глубина секвенирования составляет 201-310, то первое значение отсечки равно 8,
если глубина секвенирования составляет 311-450, то первое значение отсечки равно 9,
если глубина секвенирования составляет 451-620, то первое значение отсечки равно 10, и
если глубина секвенирования составляет 621-800, то первое значение отсечки равно 11.
8. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный параметр представляет собой взвешенную сумму первого количества первых локусов, при этом вклад каждого из этих первых локусов взвешен по показателю значимости, присвоенному соответствующим первым локусам.
9. Способ по п.1, отличающийся тем, что параметр включает сумму считываемых последовательностей, имеющих вариантную последовательность в первом количестве первых локусов.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что сумма представляет собой взвешенную сумму, и при этом первый вес одного из первых локусов отличается от второго веса второго из первых локусов, где первый вес больше, чем второй вес, и при этом один из первых локусов связан с раком, а второй из первых локусов не связан с раком.
11. Способ по п.1, в котором определение положения в геноме считываемой последовательности включает
выравнивание по меньшей мере части считываемой последовательности с референсным геномом, при этом при выравнивании считываемой последовательности допускается одно или более несовпадений между считываемой последовательностью и указанным конститутивным геномом,
где сравнение считываемых последовательностей с этим конститутивным геномом включает
сравнение конститутивного генома с референсным геномом для определения второго количества вторых локусов, содержащих вариант по сравнению с референсным геномом;
определение на основании выравнивания третьего количества третьих локусов, при этом
в каждом из данных третьих локусов количество считываемых последовательностей с вариантной последовательностью по сравнению с референсным геномом выше значения отсечки; и
вычисление разности между третьим количеством и вторым количеством с получением первого количества первых локусов, где вычисление указанной разности между третьим количеством и вторым количеством идентифицирует первые локусы и где определение указанного параметра включает для каждого локуса из первого количества первых локусов
определение количества считываемых последовательностей, которые выравниваются с локусом и содержат вариантную последовательность в данном локусе; и
определение указанного параметра на основании соответствующих количеств.
12. Способ по п.1, отличающийся тем, что определение положения в геноме для считываемой последовательности включает выравнивание по меньшей мере части считываемой последовательности с указанным конститутивным геномом, при этом допускается одно или более несовпадений между считываемой последовательностью и этим конститутивным геномом, где сравнение считываемых последовательностей с конститутивным геномом включает идентификацию считываемых последовательностей, которые содержат вариантную последовательность в локусе по сравнению с указанным конститутивным геномом; и для каждого локуса, имеющего вариантную последовательность, подсчет соответствующего первого количества считываемых последовательностей, которые выравниваются с указанным локусом и содержат вариантную последовательность в этом локусе.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что определение указанного параметра дополнительно включает
сложение соответствующих первых количеств с получением первой суммы; и
вычитание количества локусов, демонстрирующих вариантную последовательность, из первой суммы или нормировку первой суммы по количеству выровненных считываемых последовательностей.
14. Способ по п.1, дополнительно включающий
получение конститутивного образца у субъекта, который содержит более 90% конститутивной ДНК;
осуществление случайного секвенирования фрагментов ДНК в конститутивном образце с получением одной или более вторых считываемых последовательностей для каждого из множества фрагментов ДНК в конститутивном образце;
выравнивание по меньшей мере части вторых считываемых последовательностей с референсным геномом, при этом допускается несовпадение между второй считываемой последовательностью и конститутивным геномом в М или меньшем количестве геномных локусов, где М представляет собой целое значение, равное или большее, чем единица; и конструирование конститутивного генома на основании вторых считываемых последовательностей и выравнивания, где конститутивный образец представляет собой биологический образец и где конструирование конститутивного генома включает определение, является ли локус гомозиготным локусом или гетерозиготным локусом, содержащим две аллели.
15. Способ по п.1, отличающийся тем, что одну или более считываемых последовательностей получают в результате случайного секвенирования фрагментов ДНК в биологическом образце.
16. Носитель данных, содержащий инструкции для компьютерного устройства, запрограммированного для осуществления способа по любому из предшествующих пунктов.

---